پایانبخش این مراسم، دعای حضرت آیتالله خامنهای در جمع دستاندرکاران اقامه عزای فاطمی بود که به شرح ذیل منتشر می شود.
پروردگارا! از همه قبول کن؛ از مستمعین، از گویندگان، از فراهمآورندگان، از برادران عزیز خدمتگزار، از پاسداران و همهی حضّار به کرمت این توسل را در این چند شب مورد قبول قرار بده.
پروردگارا! به محمد و آل محمد قلب مقدس ولیعصر را از ما راضی کن، روح مطهر فاطمهی زهرا سلاماللهعلیها را از ما راضی کن، معرفت کامل به آنها به ما عنایت بفرما، محبت آنها را در دل ما روز به روز افزونتر بفرما، ما را از آنها در دنیا و آخرت جدا مفرما، پروردگارا مهمّات و مشکلات مردم را حل کن.
پروردگارا! این ملت را بر دشمنانش پیروز کن.
پروردگارا! به محمد و آل محمد خدمتگزاران را توفیق خدمت روز افزون به این ملت عنایت کن.
پروردگارا! ما را بر آنچه که مورد رضای تو است عارف و واقف و عامل بفرما، آنچه ما را از تو دور میکند ما را از او دور کن، تعجیل در فرج ولیعصر بفرما، ما، پدرانِ ما، مادرانِ ما، گذشتگانِ ما را مشمول رحمت و مغفرت خودت قرار بده.
رحم الله من قرأ الفاتحة مع الصلوات.